Mandhūmat al-Nuqāyah
Nama Pondok Pesantren Annuqayah adalah nama yang diambil dari salah satu kitab bertajuk Al-Nuqāyah karya Jalāluddin ‘Abdurrahman al-Suyūthī. Kitab Al-Nuqāyah ini kemudian diberi syarh sendiri oleh pengarangnya dengan judul: Itmām al-Dirāyah Li Qurrā’i al-Nūqāyah. Kitab yang ditulis dalam bentuk natsar ini adalah semacam kitab pengantar yang meliputi 14 disiplin ilmu. Menurut penuturan Kiai Mahfoudh, visi pondok pesantren Annuqayah adalah sejalan dengan visi sebagaimana yang ada di dalam kitab tersebut. Namun, pada saat ini banyak santri yang sudah melupakan kitab tersebut, bahkan ada yang sama sekali tidak mengenalnya karena kitab tersebut memang sudah sejak lama tidak diajarkan di Pondok Pesantren Annuqayah. (Selama Ramadan 1428 H, bertepatan dengan September/Oktober 2007, Kiai Wadud Munir menggelar pengajian kitab tersebut di Annuqayah).
Oleh karena itulah, dengan alasan tersebut di atas dan tentunya dengan semangat revitalisasi, beliau menyusun sebuah kitab dengan acuan kitab Al-Nuqāyah karya al-Suyūthī itu. Bila kitab Al-Nuqāyah itu ditulis dalam bentuk prosa (natsar), Kiai Mahfoudh menggubahnya kembali dalam bentuk syair (nadham) dan memberinya nama Mandhūmat al-Nuqāyah yang berarti “Kitab Al-Nuqāyah dalam Bentuk Nadham”. Beliau berharap, kitab tersebut dapat kembali diajarkan dan dijadikan acuan oleh santri-santri di Pondok Pesantren Annuqayah khususnya.
Kitab Mandhūmat al-Nuqāyah ini, sebagaimana kitab rujukan dasarnya, mencakup empat belas fann (disiplin ilmu) yaitu: ‘Ilm Ushūlu al-Dīn, ‘Ilmu al-Tafsīr, ‘Ilmu al-Hadīts, ‘Ilm Ushūl al-Fiqh, ‘Ilmu al-Farā’idh (ilmu distribusi harta waris), ‘Ilmu al-Nahwi (ilmu tata bahasa), ‘Ilmu alTashrīf (ilmu konjugasi), ‘Ilmu al-Khath (ilmu kaligrafi), ‘Ilmu al-Ma’ānī, ‘Ilmu al-Bayān (keduanya adalah ilmu retorika), ‘Ilmu al-Badī’ (ilmu tentang teori metafor), ‘Ilmu al-Tasyrīh (ilmu anatomi; ilmu urai), ‘Ilmu al-Thibb (ilmu kedokteran; pengobatan), dan ‘Ilmu alTashawwuf.