Sebagian besar ulama besar yang ada di Madura dan Jawa merupakan murid KH. Muhammad Kholil. Berikut ini sebagian murid KH. Muhammad Kholil yang mudah dikenal hingga saat ini.
- Hasyim Asy’ari, pendiri dan pengasuh Pondok Pesantren Tebuireng Jombang. Beliau juga dikenal sebagai pendiri organisasi Islam Nahdlatul Ulama (NU). Bahkan, beliau tercatat sebagai pahlawan nasional.
- H.R. As’ad Syamsul Arifin, pengasuh Pondok Pesantren Salafiyah Syafi’iyah, Sukorejo, Asembagus, Situbondo. Pesantren ini sekarang memiliki belasan ribu orang santri.
- Wahab Hasbullah, pendiri dan pengasuh Pondok Pesanrren Tambak Beras, Jombang. Pernah menjabat sebagai pengurus Rais Aam NU (1947-1971).
- Bisri Syamsuri, pendiri dan pengasuh Pesantren Denanyar, Jombang.
- Maksum, pendiri dan pengasuh Pesantren Lasem, Rembang.
- Bisri Musrofa, pendiri dan pengasuh Pesantren Rembang. Beliau juga dikenal sebagai mufosir Al-Quran. Kirab tafsirnya dapat dibaca sampai sekarang, berjudul Al Ibriz sebanyak 3 jilid tebal berhuruf Jawa Pegon.
- Muhammad Siddiq, pendiri dan pengasuh Pesantren Siddiqiyah, Jember.
- Muhammad Hasan Genggong, pendiri dan pengasuh Pondok Pesantren Zainul Hasan, Genggong. Pesantren ini memiliki ribuan santri dari seluruh Indonesia.
- Zainal Mun’im, pendiri dan pengasuh Pesantren Nurul Jadid, Paiton, Probolinggo. Pesantren ini juga tergolong besar, memiliki ribuan santri dan sebuah universitas yang cukup megah.
- Abdullah Mubarok, pendiri dan pengasuh Pondok Pesanrren Suralaya, Tasikmalaya. Pesanrren Suralaya kini dikenal juga menampung pengobatan para pecandu narkorika.
- Asyari, pendiri dan pengasuh Pandak Pesantren Darut Thalabah, Wanasari, Bandowoso.
- Abi Sujak, pendiri dan pengasuh PesantrenAstatinggi, Kebun Agung, Sumenep.
- Ali Wafa, pendiri dan pengasuh Pesantren Tempareja, ]ember. Pesantren ini mempunyai ciri khas yang tersendiri, yaitu keahliannya tentang ilmu nahwu dan sharaf.
- Taha, pendiri dan pengasuh Pandok Pesantren Bata-bata, Pamekasan.
- Mustafa, pendiri dan pengasuh Pandak Pesantren Macan Putih, Blambangan.
- Usmuni, pendiri dan pengasuh Pandak Pesantren Pandean, Sumenep.
- Karimullah, pendiri dan pengasuh Pandak Pesantren Curah Dami, Bandowoso.
- Manaf Abdul Karim, pendiri dan pengasuh Pondok Pesantren Lirboyo, Kediri.
- Munawwir, pendiri dan pengasuh Pandak PesantrenKrapyak, Y agyakarta.
- Khazin, pendiri dan pengasuh Pandak Pesantren Baduran, Sidoarjo.
- Nawawi, pengasuh Pandak Pesantren Sidogiri, Pasuruan. Pesantren ini sangat berwibawa. Selain karena prinsip salaf tetap dipegang teguh, mereka juga sangat hati-hati dalam menerima sumbangan. Sering kali menolak sumbangan kalau patut diduga terdapat subhat.
- Abdul Hadi: Lamangan.
- Zainuddin: Nganjuk.
- Maksum: Lasem.
- Abdul Fattah: pendiri dan pengasuh Pandak Pesantren Al Fattah, Tulungagung.
- Zainul Abidin: Kraksan.
- Munajad: Kertasono.
- Ramli Tamim: Rejasa, Jombang.
- Muhammad Anwar: Pacul Bawang, Jombang.
- Abdul Majjid: Bata-bata, Pamekasan, Madura.
- Abdul Hamid bin Itsbat: Banyuwangi.
- Muhammad Thahir Jamaluddin: Sumbergayam, Madura.
- Zainur Rasyid: Kirongga, Bandowoso.
- Hasan Mustafa: Garut, Jawa barat.
- Raden Fakih Maskumambang: Gresik.
- Saekarno, Presiden R.I Pertama. Menurut penuturan Kiai As’ad Samsyul Arifin, Bung Karno diakui sebagai teman Kiai As’ ad. Meski Bung Karno tidak resmi sebagai murid, namun ketika sowan ke Bangkalan, Kiai Khalil memegang kepala Bung Karno dan meniup ubun-ubunnya.
- Sayyid Ali Bafaqih, pendiri dan pengasuh Pesantren Lalaan Barat, Negara, Bali.
Wafat
Muhammad Kholil merupakan sosok kiai yang biografinya dipenuhi dengan kisah karamah. Tak banyak data sejarah yang menunjukkan secara sistematis yang berkaitan dengan seluk, kehidupan, perjuangan, dan pemikirannya, termasuk data penanggalan tentang kematiannya pun sedikit.
Beliau meninggal pada usia 90 tahun, pada 29 Ramadhan 1343 H , sekitar tahun 1925. Tidak ada data empirik yang mampu menjelaskan kematian beliau. Beliau dikebumikan di Bangkalan. Lokasi pemakaman beliau berada di kompleks pemakaman KH. Muhammad Kholil Bangkalan. Kompleks tersebut berada di Desa Mertajasa, berjarak 1 km ke arah barat dari pusat Kota Bangkalan. Kompleks pemakaman bisa dijangkau dengan kendaraan becak hanya 15 menit dari terminal bus Bangkalan.
Sumber : Muhammad Rifai. KH. M. Kholil Bangkalan : Biografi singkat 1820 – 1923. Jogjakarta : Ar-Ruzz Media, 2010.
