Sejarah berdirinya masjid ini berdasarkan cerita rakyat setempat, tidak ada yang tahu, tapi Masjid Madeggan itu langsung jadi. Dan sampai sekarangpun bentuk bangunannya tidak mengalami perubahan seperti awal berdirinya. Awalnya bangunan tempat ibadah ummat Muslim ini berkururan 20 X 24 meter, namun karena kebutuhan makin melimpahnya jamaan serta kebutuhan fasilitas lainnya, akhirnya oleh pihak takmir masjid direhabilitasi menjadi 30 x 25 meter. Keistimewaannya sampai sekarang pondasi dan bentuk bangunannya masih alami.
Masjid Medeggan yang berlokasi persis di sebelah selatan situs Makam Ratoh Ebuh tersebut, konon kabarnya dikenal keramat. Keramat dalam pengertian bahwa masjid ini mempunyai nilai sakral yang tinggi. Menurut kabar, bila ada burung terbang di atasnya, burung tersebut bisa jatuh dan mati. Lanataran kekeramatan itulah, masjid tersebut sering digunakan sebagai tempat sumpah pocong, yang biasa digunakan alternatif penyelesaikan hukum bagi masyarakat, khususnya di Pulau Madura.
Namun sekarang sudah jarang dan tidak lagi digunakan sebagai tempat sumpah pocong, karena memang takmis masjid Madeggan melarangnya, karena berbagai alasan.
Meski banyak kalangan kurang tahu kapan dan siapa sosok pendiri masjid Madeggan tersebut, namun dari berbagai cerita masyarakat setempat, masjid ini merupakan warisan secara turun temurun dan nenek moyang mereka, dan dibangun sekirar 6 abad yang lalu. Dari alasan tersebut, banyak kalangan juga menyatakan masjid Madeggan berdiri begitu saja.
Tapi yang pasting karena kebutuhan sarana tempat yang lebih, apabila kebutuhan para penziarah makin meningkat, pada tahun 1983 Masjid Madeggan direnovasi, tanpa mengubah struktur bangunan yang lama. Dan masjid ini sekarang mampu menampung sekitar seribu lima ratus jamaah.
Sebagai masjid yang mempunyai nilai historis cukup panjang, untuk mengapresiasi terhadap kemakmuran masjid, setiap peringatan hari-hari besar Islam, takmir masjid selalu mengagendakan acara keIslaman tersebut dengan berbagai acara. Apalagi saat-saat memasuki bulan ramadlan, umat Muslim dari berbagai wilayah selalu aktif mengikuti ceramah agama menjelang buka puasa tiba. Masjid Madeggan juga dikenal sangat keramat. Konon, doa yang dipanjatkan jamaah biasanya cepat terkabul. Hal inilah yang menjadikan masjid Madeggan selau ramai disinggahi masyarakat yang berziarah di pasarean Ratoh Ebuh.
Keunikan masjid ini karena memiliki empat tiang penyanggah. Meskipun konstruksinya miring, tapi keempat pilar tersebut tidak roboh. Sekian kali sudah diperbaiki, keempat tiang tersebut bentuknya kembali ke asal alias miring kembali.
Warga setempat percaya masing tiang mempunyai berkah sendiri-sendiri. Kalau berdoa di tiang pertama misalnya, diyakini bisa menambah ilmu. Dan bila berdoa di tiang kedua, diyakini bisa membuat seseorang bisa cepat memiliki pangkat dalam karir. Kemudian bila berdoa ditiang ketiga, diyakini bisa memperlancar rezeki. Serta bila berdoa di dekat tiang keempat, diyakini bisa mengabulkan doa keselamatan.
Hal ini sudah cukup banyak para musafir yang ingin membuktikan kebenaran kabar tersebut. Bahkan, beberapa warga Jawa Timur, Bogor, dan Jakarta pernah ke Masjid Madeggan. Dalam suatu kisah, dulu, ada salah seorang musafir asal Bogor pernah mengatakan bahwa dalam Masjid Madeggan ada jalan tembus menuju makam Wali Songo. Benarkah, semoga kembalipada kekuasaan Yang Maha Kuasa. (Lontar Madura/dihimpun dari berbagai sumber/)