Setelah 10 tahun menyumbangkan tenaga, pikiran dan waktunya di PHIS Sumekar Pangrabu, pada 1 September 1941, M. Saleh menyerahkan jabatan kepala sekolah kepada Meneer Badrul Kamar, seorang pendidik yang dianggap cakap dan mumpuni untuk memimpin sekolah PHIS. Ia sendiri hijrah ke Jogyakarta dan tetap menjadi guru di Gesubsidiceerde Inheemse Mulo Muhammadiyah, yang berlangsung sampai datangnya bala tentara Dai Nippon yang menduduki Indonesia.
Ketika terjadi pembentukan PETA (Pembela Tanah Air) suatu bagian dari kesatuan tentara Jepang, para prajurit sampai komandan, semuanya terdiri dari orang Indonesia. Pihak Jepang mengangkat tokoh-tokoh masyarakat dan agama untuk dijadikan Komandan PETA. Muh. Saleh terpilih menjadi komandan, bersama tokoh Muhammadiyah lainnya seperti Sudirman (kemudian menjadi Panglima Besar TNI setelah Indonesia merdeka), Muljadi Djojomartono (kelak menjadi Menko Kesra), serta tokoh-tokoh lainnya.
Muh. Saleh berhenti menjadi guru, setelah menempuh pendidikan Perwira Militer. Kemudian bertugas sebagai Dai Dancho (Komandan Daidan Batalyon Dai Ni Daidan di Yogyakarta bermarkas di Bantul dan bertanggung jawab atas pertahanan wilayah Yogyakarta bagian tengah (mulai dari puncak Gunung Merapi sampai ke pantai laut selatan). Pada saat itu, Muh. Saleh mendapat berita duka bahwa PHIS Sumekar Pangrabu Sumenep diambil alih oleh Jepang. Dengan derai air mata kesedihan beliau hanya bisa berdoa agar penjajahan Jepang cepat berakhir dari bumi Indonesia. Doa beliau terkabul, pada 14 Agustus 1945 Jepang menyerah kepada Sekutu. PETA dibubarkan dan Muh. Saleh pulang kembali ke Madura. Tanggal 17 Agustus 1945, Soekarno-Hatta memproklamasikan kemerdekaan Indonesia.
