Pemerintah RI membentuk Komite Nasional Indonesia baik di pusat maupun di daerah. Sultan Yogyakarta Hamengkubuwono IX dan para pemuka masyarakat Yogyakarta mencari calon yang tepat dan mampu untuk menjadi Ketua KNI Yogyakarta. Untuk daerah Yogyakarta, dipimpin langsung oleh Sultan sendiri didampingi Ketua KNI. Secara bulat pilihan jatuh kepada Muhammad Saleh Werdisastro guna memegang tampuk kepemimpinan KNI di Yogyakarta. Sultan langsung mengirim telegram memanggil beliau sebagai anggota KNI Pusat.
Selanjutnya KNI Pusat pada akhirnya dilebur menjadi menjadi DPR dan KNI Daerah menjadi DPRD. Bekas prajurit PETA menjadi perintis perjuangan melucuti senjata tentara Jepang dan merupakan cikal bakal TNI. Pada masa itu tentara Jepang yang berada di Yogyakarta belum mau menyerahkan senjatanya. Muhammad Saleh berusaha mengadakan perundingan dengan tentara Jepang bertempat di Gedung Negara.
Ada kisah yang patut diketahui dalam perundingan ini, yang cukup alot dan berlarut-larut. Rakyat merasa tidak sabar menunggu. Mereka berbondong-bondong mendatangi Gedung Negara dengan semangat perjuangan sambil berteriak ”Pak Saleh keluar!”. Tanpa gentar sedikitpun karena dirinya merasa benar dan merasa berpihak kepada rakyat, dengan sikap kesatria beliau memilih keluar menghadapi rakyat yang sedang emosi seraya berkata ”Ketahuilah Saudara-saudara, saya sedang berunding dengan Jepang, percayalah kalian kepada saya”. Kemudian menghunus keris miliknya dengan suara lantang berteriak di depan massa ”Jika saya mengkhianati saudara-saudara, bunuh saya dengan keris ini”. Rakyat mulai tenang dan membubarkan diri.
Sebagai seorang muslim yang taat, Muh. Saleh selalu menjauhi syirik. Ia tetap menganggap kerisnya sebagai senjata dan benda biasa yang tidak mungkin dapat mengubah nasib seseorang. Segala apa yang terjadi adalah kehendak Allah semata. Namun di sisi lain, banyak orang Yogyakarta menganggap keris Pak Saleh tersebut sangat bertuah dan keramat, sehingga beberapa hari kemudian keris yang ditaruh dalam tas kantornya hilang dicuri orang.
Jepang ternyata ngotot tidak mau menyerahkan senjatanya. Dengan semangat patriotisme, rakyat Yogyakarta dipimpin antara lain oleh Muh. Saleh, menyerbu markas Jepang di Kota Baru, yang tercatat dalam
