Akhir Masa Jabatan
Muhammad Saleh Werdisastro mengakhiri kariernya sebagai pamong praja setelah pensiun sebagai Residen Kedu pada tahun 1964 dengan pangkat Gubernur. Dia pada akhir jabatannya sebagai residen sempat sakit dan dirawat di Rumah Sakit Tentara Magelang. Menurut tim dokter yang diketuai Brigjen TNI Parsono, Muhammad Saleh Werdisastro dinyatakan menderita sakit kanker lever dan usianya diperkirakan tidak lebih dari satu tahun.
Pada tahun 1965, dia sekeluarga pindah ke Yogyakarta untuk menjalani masa pensiun disertai saran dari Team Dokter agar banyak beristirahat. Namun, dia tidak mau berhenti berkarya. Kegiatan Majelis Tanwir Muhammadiyah, dakwah agama Islam, ceramah dan mengajar di universitas tambah ditingkatkan propaganda dan agitasi komunis PKI. Bahkan dia bersama teman-teman Muhammadiyah menerbitkan koran dengan nama Harian Mertju Suar Yogyakarta. Dia memang seorang pejuang yang penuh dengan ide-ide dan dilaksanakan dengan penuh tanggung jawab. Pikiran-pikirannya cemerlang dan diusahakannya untuk menjadi kenyataan. Namun kegiatan-kegiatannya yang meningkat rupanya tidak didukung kesehatan badanya yang mulai digerogoti penyakit lamanya.
Muhammad Saleh Werdisastro jatuh sakit lagi dan pada tahun 1966 dia wafat karena penyakit kanker levernya kambuh lagi. Dia sempat beberapa hari dirawat di Rumah Sakit PKO Muhammadiyah Yogyakarta. Jenazahnya dimandikan oleh warga Muhammadiyah, dan kerandanya ditutup dengan kain berlambang Muhammadiyah. Warga Muhammadiyah benar-benar kehilangan dan berkabung. Jalan-jalan sekitar kediamannya penuh dengan warga Muhammadiyah berbaur dengan massa yang lain, jumlahnya ribuan yang hendak memberikan penghormatan terakhir kepada almarhum.
