Ketika pihak militer meminta jenazah Muhammad Saleh Werdisastro untuk dimakamkan di Taman Makam Pahlawan Semaki Yogyakarta karena almarhum memiliki Bintang Gerilya, pihak Muhammadiyah menolak karena Muhammad Saleh Werdisastro begitu besar jasanya kepada Muhammadiyah sehingga untuk menghormatinya, jenazah beliau dimakamkan berdampingan dengan pendiri Muhammadiyah lainnya, Kyai Haji Achmad Dahlan di pemakaman Karangkajen Yogyakarta. Ribuan pelayat mengiringi jenazah Muhammad Saleh Werdisastro yang dipikul secara bergantian oleh warga Muhammadiyah sepanjang Jalan Malioboro, Yogyakarta lebih kurang 2 km menuju Masjid Besar Alun-alun Utara Yogyakarta untuk disholatkan.
Jalan Malioboro penuh dengan iring-iringan ribuan pelayat yang berjalan kaki. Toko-toko di sepanjang jalan yang dilalui jenazah banyak yang menyediakan minuman di depan tokonya untuk diminum para pelayat. Nampak di antara pelayat berjalan kaki Ketua Umum Muhammadiyah Kyai Haji Achmad Badawi, Pangdam Diponegoro Mayor Jenderal TNI Soerono, Komandan Korem Yogyakarta Kolonel TNI Leo Ngali serta pejabat-pejabat lainnya dari Yogyakarta, Surakarta, Magelang dan Semarang. Semua kendaraan menepi memberi jalan bagi jenazah beserta ribuan pelayat. Setelah disholatkan, jenazah dipikul lagi sekitar 2 km menuju Pemakaman Karangkajen. Ribuan pelayat dengan dipandu warga Muhammadiyah membaca doa membesarkan nama Allah sepanjang jalan, dipemakaman Karangkajen ribuan pelayat mengaminkan doa Sang Iman, memohonkan ampun kepada Allah SWT serta memberikan penhormatan terakhir kepada seorang hamba Allah bernama Muhammad Saleh Werdisastro yang selama hidupnya mengabdikan dirinya kepada negara, nangsa, dan agama Islam khususnya Muhammadiyah.
