Panglima Besar Soedirman keluar kota Yogyakarta untuk memimpin gerilya melawan Belanda. Demikian pula beberapa menteri Republik Indonesia seperti Dr. Soekirman, Soepeno, J. Kasimo, dan Mr. Soesanto Tirtoprojo. Muhammad Saleh Werdisastro yang waktu itu menjabat Penasehat Mendagri Dr. Soekirman, dengan pangkat Letnan Kolonel TNI, ikut keluar kota, bergerilya di daerah Yogyakarta, kadang-kadang di daerah Surakarta dan Madiun.
Baca juga : Muhammad Saleh Werdisastro Menanamkan Rasa Kebangsaan
Ia juga pernah mengikuti Panglima Besar Soedirman bergerilya dari Trenggalek sampai Pakis di Pegunungan daerah Pacitan. Setelah Yogyakarta kembali ke Republik Indonesia, Muhammad Saleh Werdisastro pada tanggal 15 Oktober 1949 ditunjuk duduk dalam perwakilan Dewan Penasehat Delegasi Republik Indonesia di Joint Committee. Setelah itu, dia tidak melanjutkan karier dalam militer lagi. Dia lebih memilih berkarir dalam bidang pamong praja samabil meneruskan idealismenya sebagai pendidik dan aktivis Muhammadiyah.
Rupanya perjuangan Muhammad Saleh Werdisastro sebagai Perintis Kemerdekaan tahun 1945 mendapat penghargaan dari Pemerintah Republik Indonesia dengan mengabadikan nama, gambar, atau foto dirinya serta barang-barang peninggalan waktu menjadi Ketua Komite Nasional Indonesia Yogyakarta yang pertama dalam satu ruang tersendiri di Musium Monumen Yogya Kembali.
Baca juga : Muhammad Saleh Werdisastro Menanamkan Rasa Kebangsaan
Pamong Praja
Karier Muhammad Saleh Werdisastro dalam pamong praja dimulai sebagai Wakil Walikota Yogyakarta pada tanggal 1 Pebruari 1950. Sebagai Wakil Walikota dia aktif di Majelis Tanwir Muhammadiyah Pusat di Yogyakarta. Di samping itu dia juga ikut sebagai salah seorang pendiri Universitas Gajah Mada.
Mulai tanggal 1 Agustus 1951 sampai dengan tanggal 17 Pebruari 1958 (dipilih untuk 2 periode) Muhammad Saleh Werdisastro menjabat sebagai Walikota Surakarta. Pada masa itu di samping tetap sebagai anggota Majelis Tanwir Muhammadiyah Pusat, juga mulai giat sebagai mubaliq mengadakan dakwah atau ceramah agama Islam di berbagai tempat di Jawa Tengah dan Yogyakarta. Di bidang pendidikan dia mempelopori berdirinya Universitas Surakarta dan ikut aktif sebagai pengurus IKIP Muhammadiyah Surakarta bersama Drs. Sosrodiningrat dan Prof. Sigit.
