Ketika pihak militer meminta jenazah Muhammad Saleh Werdisastro untuk dimakamkan di Taman Makam Pahlawan Semaki Yogyakarta karena almarhum memiliki Bintang Gerilya, pihak Muhammadiyah menolak karena Muhammad Saleh Werdisastro begitu besar jasanya kepada Muhammadiyah sehingga untuk menghormatinya, jenazah beliau dimakamkan berdampingan dengan pendiri Muhammadiyah lainnya, Kyai Haji Achamad Dahlan di pemakaman Karangkajen Yogyakarta.
Warga Muhammadiyah benar-benar kehilangan dan berkabung. Jalan-jalan sekitar kediamannya penuh dengan warga Muhammadiyah berbaur dengan massa yang lain. Ribuan pelayat mengiringi jenazah Muhammad Saleh Werdisastro yang dipikul secara bergantian oleh warga Muhammadiyah sepanjang jalan Malioboro, Yogyakarta kurang lebih 2 km menuju Masjid Besar Alun-alun Utara Yogyakarta untuk disalatkan.
Toko-toko di sepanjang jalan yang dilalui jenazah banyak yang menyediakan minuman di depan tokonya untuk diminum para pelayat. Di antara pelayat yang berjalan kaki terdapat Ketua Umum Muhammadiyah Kyai Haji Achmad Badawi, Pangdam Diponegoro Mayor Jenderal TNI Soerono, Komandan Korem Yogyakarta Kolonel TNI Leo Ngali serta pejabat-pejabat lainnya dari Yogyakarta, Surakarta, Magelang, dan Semarang. Semua kendaraan menepi memberi jalan bagi jenazah beserta ribuan pelayat.
Setelah dishalatkan, jenazah dipikul lagi sekitar 2 km menuju Pemakaman Karangkajen. Ribuan pelayat dengan dipandu warga Muhammadiyah membaca doa membesarkan nama Allah sepanjang jalan, di pemakaman Karangkajen, ribuan pelayat mengaminkan doa Sang Iman, memohonkan ampun kepada Allah SWT serta memberikan penghormatan terakhir kepada seorang hamba Allah bernama Muhammad Saleh Werdisastro yang selama hidupnya mengabdikan dirinya kepada negara, bangsa, dan agama Islam khususnya Muhammadiyah.
Baca juga : Muhammad Saleh Werdisastro Menanamkan Rasa Kebangsaan
