Museum terbagi menjadi tiga bagian yang terletak di depan/luar keraton dan di dalam keraton. Bagian pertama, di luar keraton, adalah tempat menyimpan kereta kuda/ kencana kerajaan Sumenep dan kereta kuda pemberian ratu Inggris, yang sampai sekarang masih dapat dipergunakan dan dikeluarkan pada saat upacara peringatan hari jadi kota Sumenep.
Bagian kedua dan ketiga terdapat di dalam keraton Sumenep, yang di dalamnya menyimpan alat-alat untuk upacara mitoni atau upacara tujuh bulan kehamilan keluarga raja, senjata-senjata kuno berupa keris, clurit, pistol pedang bahkan semacam samurai dan baju besi untuk perang, al-Qur’an yang ditulis oleh Sulta Abdurrachman, guci dan keramik dari Tiongkok/ Cina yang menggambarkan bahwa pada saat itu terjalin hubungan yang erat antara kerajaan Sumenep dan kerajaan Cina, patung-patung/ arca, baju kebesaran Raja/Sultan, sampai tulang/fosil ikan paus yang terdampar di pantai Sumenep pada tahun 1977.
Museum ketiga disebut juga museum Bindara Saod karena pada zamannya tempat itu adalah tempat Bindara Saod menyepi, maka disebut juga dengan Rumah penyepian Bindara Saod. Terdiri lima bagian yaitu teras rumah, kamar depan bagian timur, kamar depan bagian barat, kamar belakang bagian timur dan bagian barat. Baik Museum, Museum Kantor Koneng dan Museum Bindara Saod, ramai dikunjungi, baik itu wisatawan lokal, maupun mancanegara untuk menikmati koleksi sejarah keraton Sumenep.
Di musium Sumenep kira-kira mau tidak membeli barang-barang antik/kuno, terus kalo seperti uang kuno ?
Tentu koleksi di museum tidak ada transaksi jual beli. Semua untuk dikunjungi dan sebagai bahan pelajaran sejarah masa lalu