Pada pintu gerbang kawasan induk atau pada blok II, dibagian belakangnya ada bangunan berbentuk seperti “warana” tertulis prasasti tulisan berbahasa Arab dan Jawa kuno, yang terjemahannya antara lain sebagai berikut:
“Adapun setelah memuji kepada Allah SWT atas karuniaNya dan mengucap syukur atas segala limpahan rahmatNya, maka sesungguhnya bagi orang yang berpegang teguh kepada agama Allah yakni : Sultan Pakunataningrat, Raja di Negeri Sumenep, apa-apa yang diharapkan dan ayahnya Panembahan Natakusuma semoga Allah menyelimuti dengan rahmat-Nya dan semoga Allah memasukkan ke surga. Sultan Pakunataningrat telah melaksanakan wasiat beliau yang disimpan rapi hingga berakhir kekuasaan beliau dengan membuat sebuah bangunan Kubah baginya, dan agar ayahnya dikuburkan didalam Kubah tersebut. Bahwa beliau Rahmatullahi Ta’ala sebelum wafatnya, sungguh telah melihat Kubah itu, selama tiga tahun. Di waktu beliau melihatnya, merasa senang dan nampak dengan wajah yang berseri-seri, sepertinya beliau melihat dirinya send in berada pada han kebangkitan dan han kiamat. Dan Kubah mulai dibangun oleh Sultan Pakunataningrat pada tanggal 10 Rajab 1227 Hijriyah, sedang beliau wafat pada han Senin Rabiul awal tahun 1230 Hijriyah dan disemayamkan ditengah-tengah Kubah itu. Ya Allah berikanlah tambahan rahmat-Mu kepadanya dan kumpulkanlah bersama kebaikan-kebaikannya (Wassaabiku wassaabikun ulaikal muqarrabin fi jannatin na’iem), ketahuilah olehmu bahwa sesungguhnya pekerjaan Kubah pada waktu itu belum selesal atau sempurna untuk memperbagus, termasuk juga pintu masuknya belum selesai. Kemudian Al Mu’tasimu billahi SWT bersungguh-sungguh menyempurnakan pekerjaan tersebut dengan pertolongan dan Allah, seperti Ia perisai yang balk untuk menutupi dan yang berdiam din. Penyelesaian akhir pekerjaan Kubah itu dan pekerjaan termasuk memperbagus dan memperluas, agar indah dan bagus dipandang pada tahun 1233 Hijriyah. Semoga sebaik-baiknya Sholawat dan Salam dilimpahkan kepada Nabi Muhammad SAW”
