(1) Perang di Gegodog pada tanggal 16 Oktober 1676. Bangsawan Mataram yang gugur diantaranya : Panji Wirabumi, Kiai Ngabei Wirajaya, , Kiai Rangga Sidayu dan Pangeran Purbaya.
(2) Lasem ditaklukan tanggal 18 Oktober 1676.
(3) Rembang dihancurkan dan dibakar pada tanggal 24 Oktober 1676.
(4) Jepara diserang pada tanggal 20 November 1676. Namun karena kota ini dilindungi oleh VOC-Belanda, harus digarisbawahi bahwa Trunojoyo tidak ingin berperang dengan VOC, maka pasukan Madura pun keluar dari Jepara. Hal ini berlaku pula untuk kota Kudus.
(5) Demak jatuh pada tanggal 11 Desember 1676. Kurang lebih 11.000 pasukan Mataram meninggalkan Demak karena kekurangan pasokan bahan makanan.
(6) Tanggal 24 Desember 1676, Laskar Madura telah masuk dan membakar kota Semarang. Adipati Semarang Nayacitra melarikan diri, sementara itu, bawahannya Astrayuda, menyeberang ke pihak musuh.
(7) Menjelang tahun baru, sebuah kapal Cirebon memberi tahu bahwa Laskar Madura sudah merebut Pekalongan.
(8) Tegal baru jatuh pada tanggal 2 Januari 1677 tanpa kekerasan. Armada Madura yang terdiri dari 24 kapal ”konting” muncul di teluk. Pimpinannya adalah Ngabei Sindukarti, paman dari Trunojoyo.
(9) Cirebon yang dipimpin oleh Adipati Martadipa menyerah tanggal 5 Januari 1677.
Trunojoyo sendiri pada bulan April 1677 memberitahukan kepada utusan VOC-Belanda bahwa separuh wilayah Mataram telah ditaklukan dan bersiap untuk melakukan serangan pamungkas ke Ibukota Mataram di Plered.
Pasukan Trunojoyo berhasil mengalahkan pasukan Mataram di bawah pimpinan Adipati Anom yang berbalik mendukung ayahnya pada bulan Oktober 1676. Dan kemudian berhasil menyerbu ibukota Mataram, Plered. Amangkurat I terpaksa melarikan diri dari keratonnya dan berusaha menyingkir ke arah barat, akan tetapi kesehatannya mengalami kemunduran. Setelah terdesak ke Banyumas kemudian ke Ajibarang dan Wonoyoso, ia akhirnya meninggal di daerah Tegalwangi (sebelah selatan Tegal). Sesudahnya, Susuhunan Amangkurat I kemudian juga dikenal dengan julukan Sunan Tegal Arum.
Setelah menguasai Plered dan menjarah isinya, bahkan kemudian menikahi putri Amangkurat I (setelah menculiknya), Trunojoyo membangun basisnya di Kediri dan mengangkat dirinya sebagai penguasa Mataram yang baru.
Sementara itu Adipati Anom yang kemudian dinobatkan menjadi Amangkurat II, tidak tinggal diam. Segera setelah itu ia mewakili Mataram secara resmi menandatangani persekutuan dengan VOC untuk melawan Trunojoyo dengan imbalan seluruh biaya perang harus ditanggung oleh Mataram dan sebagian daerah Mataram seperti Semarang harus diserahkan kepada VOC.
Pada April 1677, Speelman bersama pasukan VOC berangkat untuk menyerang Surabaya dan berhasil menguasainya. Setelah menguasai Surabaya, VOC mengirimkan ekspedisi ke Kediri yang dipimpin oleh Anthony Hurdt. Ekspedisi ini kurang lebih berjumlah 3000 orang yang terdiri dari orang Belanda, Ambon (dipimpin oleh Jonker), Bali, dan Bugis (dipimpin oleh Aru Palakka). Mereka dibantu oleh pasukan Mataram yang masih setia kepada Amangkurat II. Benteng pertahanan Trunojoyo sedikit demi sedikit dapat dikuasai oleh VOC. Akhirnya Trunojoyo dapat dikepung, dan menyerah di lereng Gunung Kelud pada tanggal 27 Desember 1679 kepada Kapitan Jonker.
Trunojoyo kemudian diserahkan kepada Amangkurat II yang berada di Payak, Bantul, pada tanggal 2 Januari 1680. Setelah bertemu, Amangkurat II mengatakan kepada Trunojoyo, ”Saya ampunkan kamu dan mengangkat kamu sebagai Adipati Madura”, sambil ia menusuk Trunojoyo dengan kerisnya. Trunojoyo pun akhirnya tewas di tangan Amangkurat II.
