Reorganisasi pemerintahan terutama di Pamekasan banyak menimbulkan keresahan. Rakyat yang hidup di batas garis kemiskinan takut akan adanya pemerasan yang lebih kejam lagi daripada di bawah pemerintahan raja-raja. Ribuan penduduk melarikan diri ke Jawa. Setelah pemenintahan langsung di Pamekasan akhirnya membawa pengaruh yang relatif baik, pembaharuan-pembaharuan di kabupaten-kabupaten lainnya sedikit saja menimbulkan kesulitan. 17)
Memang benar penyerahan pemerintahan tersebut secara mutlak membawa beberapa perbaikan bagi penduduk yang hidup dalam situasi yang menyakitkan, namun secara relatif pulau itu tetap merupakan salah satu dari wilayah-wilayah yang terimiskin dan terbelakang di Jawa dan Madura. Baru pada tahun-tahun tiga puluhan abad ini, setelah residensi Madura menjadi bagian dari propinsi Jawa Timur, tindakan-tindakan tegas diadakan untuk meningkatkan taraf hidup rakyat. Dikembangkanlah sebuah rencana kesejahteraan. Hanya sebagian dan rencana itu yang dapat dilaksanakan karena invasi Jepang (Grader 1949).
Pada tahun 1947 selama Aksi Militer Pertama, Madura diduduki oleh iniliter Belanda. Awal tahun 1948 atas hasutan penguasa kolonial, negara bagian Madura diproklamirkan. Memang benar pada saat itu Belanda mengakui cita-cita kemerdekaan rakyat Indonesia, namun berbeda dengan Republik Indonesia yang diproklaimrkan pada tahun 1945, Belanda lebih mengutamakan bentuk negara federal. Usaha untuk menangkal dibentuknya negara kesatuan, Belanda— sementara melakukan perundingan-perundingan — berusaha mendirikan beberapa negara bagian.
Proklamasi Negara Madura ini didahului oleh semacam plebisit yang diadakan dan dipersiapkan oleh para pejabat kolonial dalam keadaan darurat. Madura yang tidak pernah bisa memenuhi keperluan hidupnya sendiri, menerima status yang sama seperti antara lain Sumatra Timur dan Indonesia Timur. Tjakraningrat, keturunan dari keluarga raja-raja Madura Barat, bertindak sebagai wali negara. Pada pertengahan tahun 1948 negara bagian ini memperoleh sebuah parlemennya sendiri. Sejak semula terdapat perlawanan besar terhadap politik negara bagian di dalam maupun di luar perwakilan rakyat. Beberapa anggota parlemen mengadakan hubungan yang erat dengan orang-orang Republik. Beberapa bulan setelah kemerdekaan, negara bagian tersebut dibubarkan, dan Pulau Madura pun bersatu dengan Republik Indonesia yang mencita-citakan negara kesatuan (Kahin 1952: 235—238 dan 381—382; Arieffin 1948).
