Secara historis, Masjid Agung Sumenep dibangun pada masa Pemerintahan (Panembahan) Sumolo yang memiliki gelar Tumenggung Aria Asiruddin Natakusuma (1763 M.). Dia memerintah Sumenep dari tahun 1762 sampai 1811 M. dan merupakan putra angkat Raden Ayu Tumenggung Tirtonegoro yang menikah dengan ayah kandungnya, Bendoro Saod. Bindara Saod alias Raden Tumenggung Tirtonegoro merupakan seorang auliya’ yang dikenal sakti mandraguna, termasuk putra-putra keturunannya.