Sistem pendidikan di Pesantren Loteng murni salafiah. Keluarga pesantren ini juga tidak dibiasakan mengenyam pengetahuan di luar kitab-kitab klasik. Tradisi keluarga ini juga sangat lekat dengan tashauf dan thariqah.
Masa Kekuasaan Panembahan Mandaraga
Panembahan Mandaraka ini berkuasa sampai 1339 M dan mempunyai dua putra yaitu Pangeran Natapraja bertahta di Bukabu dari tahun 1339-1348 M dan Pangeran Nataningrat yang menggantikan kakaknya dengan karaton Baragung yaitu Guluk-Guluk