Raden Bugan Kembali ke Cirebon.
Setelah beberapa larnanya belajar ilmu agama Islam kepada Sunan Prapen, Raden Bugan dipanggil kembali ke Cirebon. Selanjutnya Raden Bugan oleh Sultan Cirebon diantarkan ke keraton Mataram untuk belajar ilmu ketatanegaraan dan pemenintahan dengan mengabdi di Keraton Mararam. Ia dikenal cerdas dan pintar sehingga kemudian menjadi kepercayaan Raja Mataram.
Pada suatu ketika ia diutus Raja Mataram ke Giri untuk mempengaruhi Sunan Prapen supaya takluk dan tunduk kepada Mataram. Dalam tugasnya Raden Bugan diamanatkan untuk mempengaruhi sunan Prapen supaya tunduk kepada Matararn. Apabila tidak mau tunduk, ia berkewajiban untuk menangkap atau membunuh Sunan Prapen, dan menyerahkan Sunan Prapen kepada Raja Mataram.
Bugan Menunaikan Tugas dan Raja Mataram
Raden Bugan berangkat menuju Giri menunaikan tugas pemerintahan yang diberikan Raja Mataram. Sesampainya di Giri, Raden Bugan menyampaikan maksud kedatangannya kepada Sunan Prapen untuk melaksanakan tugas dan raja Mataram. Namun Sunan Prapen tidak bersedia untuk takiuk kepada Mataram. Maka, ia memerintahkan kepada raden Bugan untuk membunuhnya dan menyerahkan kepalanya kepada Raja Mataram.
Disamping itu ia berpesan kepada Raden Bugan: “Kamu mesti jadi pemimpin besar, seorang Raja. Yang memberi penintah kepadamu seorang Raja. Sebagai seorang raja kau hams hati-hati da]am menjalankan tugas yang diamanatkan. Aku meminta kepadamu supaya membunuhku dan persembahkan kepalaku kepada raja Mataram. Aku lebih baik mati daripada takiuk kepada Mataram, raja yang menjajah kebahagiaanku untuk kebahagiaan pribadinya dan sanak keluarganya, serta para sahabatnya yang tidak jujur. Mereka bekerja hanya mengikuti hawa nafsu setan”.
Raden Bugan mengaturkan sembah kehadapan gurunya, Sunan Prapen. Lalu kembali mengajak Sunan Prapen bersama-sama menghadap Raja Mataram.Namun jawaban Sunan Prapen tetap seperti semula, tidak mau tunduk dan menyerah kepada Raja Mataram.
Menurut cerita Raden Bugan menunggu selama 40 han lamanya untak membujuk Sunan Prapen supaya tunduk kepada Raja Mataram dan pada suatu ketika Raden Bugan memenuhi permintaan gurunya, Sunan Prapen.