Para bupati ketika itu tidak diperbolehkan saling mengadakan hubungan di antara mereka masing-masing. Raja Madura Barat tidak diperbolehkan bepergian ke Jawa tanpa mendapatkan izin terlebih dahulu dari Kompeni. Lagi pula ia dilarang berkorespondensi dengan raja-raja di kepulauan Nusantara. Bahkan perdagangan dengan seberang lautan memerlukan persetujuan Kompeni (Heeres 1938: 397—398, 416 dan 420).
Atas biaya pemerintahan lokal, di dalam atau di dekat ketiga ibukota didirikan sebuah benteng bagi milisi dan pos perwakilan bagi Kompeni. Setiap benteng memiliki sejumlah meriam bagian artileri yang dianggap cukup untuk mempertahankan kepentingan-kepentingan Belanda. Pemegang pos perwakilan, yang menjadi perintis bagi jabatan residen di kemudian hari, bertindak sebagai wali dan kekuasaan Belanda.
Para bupati boleh memelihara pasukan-pasukannya sendini, walaupun Madura Barat, yang pada tahun 1745 sudah menyerahkan semua “meriam, peluru dan mesiu lainnya”, untuk itu memerlukan “izin dan otorisasi yang harus lebih dahulu diatur” (Heeres 1938: 397). Milisi rakyat Madura tidak pernah merupakan ancaman bagi Kompeni. Sebaliknya, serdadu-serdadu Madura berdinas di benteng-benteng Kompeni di Sailan, Malaka, dan Makassar. Dalam huru-hara di kepulauan Indonesia, pasukan bantuan Madura bertempur di pihak Kompeni (Kielstra 1890: 521>.
Klausula tentang peradilan dan pemerintahan Madura yang dicantumkan dalam kontrak membiarkan sebagian besar struktur pemerintahan intern tetap utuh, walaupun para bupati tersebut tidak boleh memutuskan masalah-masalah penting tanpa campur tangan utusan Belanda. Jadi misalnya mengangkat atau memecat para pejabat tinggi tanpa memberitahukan kepada Kompeni dilarang. Demikian halnya dalam membebankan kewajiban baru, persetujuan Kompeni dibutuhkan. Terutama lapisan atas dan aparat pemerintahan berada dalam pengawasan. Madura Barat menyerahkan pengadilan perkara-perkara kriininal kepada sebuah pengadilan dengan susunan campuran. Madura Timur hanya boleh mengadili sendiri pertikaian-pertikaian kecil (Heeres 1938: 400 dan 416).
