Bangsawan asal Bangkalan, Madura, R Harunur Rasyid, yang ikut meneliti seni ukir dan sejarah Sumenep dalam bukunya yang berjudul Membaca Sejarah Sumenep dari Seni Ukir Sumenep, menjelaskan, setiap ukiran yang ada di sudut petilasan bangunan kuno Sumenep punya nilai sastra tinggi dan bercerita tentang sejarah di sekitarnya. Artinya, di balik pembangunan masjid tersebut ada tokoh cendekiawan mumpuni yang memainkan peran di balik pendirian Masjid Agung Keraton Sumenep.
Gubenur Jenderal Batavia Stamford Raffles dalam bukunya The History of Java, pada lempeng ke-21 menyebutkan, di Pulau Jawa terdapat seorang sultan yang piawai dalam membuat dan membaca bahasa sandi kuno. Ia juga ahli strategi perang, ahli botani, dan menguasai bahasa Belanda, Inggris, Jawi Kuno, dan Sansekerta.
Raffles menyebut dalam buku yang ditulisnya itu adalah nama “Sultan Abdurrahman Pakunatan Ningrat’’, putra Panembahan Somala. Sang Sultan inilah yang menjadi otak seni arsitektur Sumenep, khususnya pada ukiran yang berbentuk bunga. Sebab, dilihat dari motif kembang yang menjadi penghias banyak bangunan kuno di Sumenep, sama sekali tidak terlihat adanya motif bunga lokal Madura atau Jawa.
Banyak para ahli memastikan, motif ukiran bunga yang asing bagi mata masyarakat Madura itu dipenga ruhi oleh pengalaman Sultan Abdurrahman Pakunatan Ningrat yang kerap diajak Raffles keliling nusantara untuk meneliti tanaman Indonesia dan membuat ensiklopedia aneka tanaman tropis. Bahkan, Raffles yang selama bertahuntahun tidak bisa memecahkan prasasti kuno di Bali, berkat bantuan Sultan Abdurrahman Pakunatan Ningrat, sandi itu akhirnya bisa dibaca.
